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# ANOVA à un facteur : représentations graphiques

:Remarque : Besoin de quelques rappels pour l'importation et la préparation du jeu de données? {#rq_preparation_donnees_graphiques_de_base, toggle=collapse, title-display=show}
    
    Le jeu de données utilisé dans cette partie sur l'ANOVA est le jeu de données "Cépages". Ce jeu de
    données répertorie les pH de vins associés à trois cépages : Merlot, Cabernet Sauvignon (CS) et
    Cabernet Franc (CF).
        
    Le lien ci-dessous permet de télécharger le fichier de données et d'obtenir les lignes de code
    pour importer le jeu de données sur R.
    
    | Jeu de données |    CSV       |  Commande R |
    |-----------------|-------------|------------|
    |  Données Cépages  | [![image](image/csv.jpg)](donnees/Cepages.csv)  |  [Importer le jeu de données](#ligne_code_importation_cepages) |

:Exemple {#ligne_code_importation_cepages, toggle=popup}
        
        
        ```r
            donnees <- read.csv2("donnees/Cepages.csv", header = TRUE, stringsAsFactors = TRUE)
        ```
        
        Il est vivement conseillé de vérifier que R a bien identifié la variable et le facteur. On
        peut utiliser :
        
        
        ```r
            str(donnees)
        ```
        
        ```
        ## 'data.frame':	15 obs. of  2 variables:
        ##  $ Cepage: Factor w/ 3 levels "CF","CS","Merlot": 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 ...
        ##  $ pH    : num  3.32 3.15 3.19 3.24 3.3 3.53 3.63 3.54 3.57 3.6 ...
        ```
            
        Des modifications peuvent être effectuées suivant les modalités présentées dans la partie
        [Manipulation de données](caps_2_7_corriger_type_variables.html).

:Objectifs
    
    *   Représentations graphiques
    
    On peut aisément faire une représentation des données à l’aide de boxplots en utilisant
    plot(Variable ~ Facteur). Comme présenté dans la [partie sur les
    graphiques](caps_5_1_graphiques_de_base.html)
    
:Exemple {#boxplot1, toggle=collapse}
        
    
    ```r
    plot(pH~Cepage, data=donnees,  col=rainbow(3),main="Représentation des pH par cépage")
    ```
    
    ![plot of chunk C12-1-B](figure/C12-1-B-1.png)
    
Il est possible de modifier ces graphiques pour améliorer la représentation 
    
| Rôle |	Exemple | Rôle| Exemple |
|-----|------------|---------|---------|
|Faire figurer la moyenne (par niveau ou moyenne globale)|[ici](#bxpmeans)|Organiser les boîtes par ordre croissant des médianes ou moyennes|[ici](#sort)|
|visualiser les niveaux en fonction de la moyenne associée|[ici](#plotdesign)|Utilisation du package "ggplot2"|[ici](#ggplot2)|
    
:Aide{#bxpmeans, toggle=popup, title-display=hidden}

```r
    boxout = boxplot(pH ~ Cepage, data=donnees, col="grey", notch=F, varwidth=T)
    boxmeans = tapply(donnees$pH, donnees$Cepage, mean)
    points(seq(boxout$n), boxmeans, pch=19, cex=2, col=rainbow(3))
    abline(h=mean(donnees$pH), col="red", lwd=3, lty=2)    
    ```
    
    ![plot of chunk C12-1-C](figure/C12-1-C-1.png)
    
:Aide{#sort, toggle=popup, title-display=hidden}
    
    
    ```r
    moyennes <- sort(tapply(donnees$pH, donnees$Cepage, mean))
    boxplot(pH ~ factor(Cepage, levels=names(moyennes)), data=donnees, 
    col=c("blue", "cadetblue", "cyan"))  
    ```
    
    ![plot of chunk C12-1-D](figure/C12-1-D-1.png)
    
:Aide{#plotdesign, toggle=popup, title-display=hidden}
    
    
    ```r
    plot.design(pH ~ Cepage, data=donnees, ylab = expression("Moyennes"))
    ```
    
    ![plot of chunk C12-1-E](figure/C12-1-E-1.png)

:Aide{#ggplot2, toggle=popup, title-display=hidden}

Le package “ggplot2” permet un éventail plus grand de représentations.
    Par exemple, on peut représenter des nuages de points associés à la variable par niveau (ici,
    les pH par Cépage) avec une couleur différente suivant le niveau du facteur (ici Cépage).

```r
    library("ggplot2")
    ```
    
    ```
    ## Warning in (function (kind = NULL, normal.kind = NULL, sample.kind = NULL) :
    ## non-uniform 'Rounding' sampler used
    ```
    
    ```r
    qplot(Cepage, pH, data=donnees, colour=Cepage)
    ```
    
    ![plot of chunk C12-1-F](figure/C12-1-F-1.png)
    
    Il est même possible de “mixer” des boxplots et nuages de points comme le montre l’exemple
    ci-dessous.

```r
    qplot( Cepage, pH, data=donnees, geom=c("boxplot", "jitter"), colour=Cepage)
    ```
    
    ```
    ## Warning in (function (kind = NULL, normal.kind = NULL, sample.kind = NULL) :
    ## non-uniform 'Rounding' sampler used
    ```
    
    ![plot of chunk C12-1-G](figure/C12-1-G-1.png)
    
:Suite ANOVA {#anova, toggle=collapse}
    
    [ANOVA à un facteur : représentations graphiques](caps_12_1_anova1_gestion_graphiques.html)
    
    [ANOVA à un facteur : Réalisation et Vérification des
    hypothèses](caps_12_2_anova1_hypotheses.html)
    
    [ANOVA à un facteur : Récupération des résultats du tableau
    d'ANOVA](caps_12_3_anova1_resultats.html)
    
    [ANOVA à un facteur : Tests de comparaison post-hoc](caps_12_4_anova1_posthoc.html)
    
    [ANOVA à plusieurs facteurs](caps_12_5_anova_mult_posthoc.html)
    
    [Exercice bilan](caps_12_6_anova_exbilan.html)